Die Herstellung von Schnittkäse verläuft grundsätzlich wie bei jeder anderen Käsegruppe. Die Milch wird mithilfe von Lab dickgelegt und anschließend in Stücke zerteilt, wobei sich die Molke vom Käsebruch absetzt. Danach wird der Käsebruch gesiebt, in Formen gepresst und in einer Salzlake gebadet. Der letzte Schritt ist die Reifung.
Da die Härte des fertigen Käses von der Größe der Stücke des Bruchs abhängt, muss bei der Produktion von Schnittkäse der Käsebruch feiner als bei Weichkäse, jedoch grober als bei Hartkäse zerkleinert werden. Die Reifezeit liegt bei den meisten Schnittkäsesorten zwischen vier und sechs Wochen, kann aber auch ein bis zwei Monate betragen. Schnittkäse weist außerdem einen Wassergehalt der fettfreien Käsemasse von 54 % bis zu 63 % auf. Durch die lange Reifung des Käses ist er in den meisten Fällen laktosefrei.
Gut zu wissen: Löchriger Käse entsteht durch Kohlendioxid, welches nicht aus der Käsemasse entweichen kann und so die typisch runden Löcher formt.